初期阵容的构建既延续了经典角色的核心地位，又融入了新世代忍者的特色。鸣人、佐助等老一辈忍者依然是团队的中流砥柱，例如鸣人的九尾查克拉和螺旋丸在攻坚战中不可或缺，而佐助的写轮眼与雷遁忍术则承担着控场与输出的双重职责。旗木卡卡西凭借丰富的战斗经验和独创的忍术体系，成为战术指挥的关键人物，其神威能力在应对强敌时屡建奇功。这些角色不仅保留了原作的战斗风格，还在新时代的剧情中展现出适应和平年代的战略调整，例如更注重团队协作而非个人英雄主义。
新世代忍者的加入为阵容注入了新鲜血液。博人继承了父亲的螺旋丸天赋，同时结合科学忍具开发出消失的螺旋丸等创新招式，在实战中兼具爆发力和灵活性。佐良娜将宇智波的写轮眼与医疗忍术结合，既能精准洞察敌方破绽，又能为队友提供治疗支援。砂隐村的新生代忍者如新希，凭借磁遁血继限界在控场领域独树一帜，其沙铁结界可有效限制敌方走位。这些角色不仅能力多样，其价值观也反映了和平年代忍者的成长矛盾，如何在日常任务与宏大使命之间找到平衡，成为阵容构建时需考量的心理维度。
战术配合的复杂度显著提升，初期阵容需兼顾属性克制、追打链衔接和地形利用。以风主为核心的阵容可通过刷新奥义实现多轮群体输出，搭配疾风我爱罗的砂缚柩和手鞠的风遁大镰鼬形成强力控场。雷主体系则偏向高速爆发，例如鬼鲛的查克拉吸收配合再不斩的雾隐之术，能在目盲状态下实现罚站流战术，这种以控制取代强攻的思路尤其适合越级挑战。环境互动方面，新一代忍者更擅长将水域、岩壁等地形转化为战术资源，例如利用水遁制造沼泽限制移动，或借助岩壁反弹手里剑实现多重打击。
装备系统的革新进一步拓展了阵容可能性。传统忍具如起爆符、烟雾弹仍被广泛使用，但科技忍具的加入让战术更加多变。查克拉充能型武器可提升连击稳定性，而侦查型无人机则能提前获取战场情报。平民玩家可通过合理搭配免费角色实现高强度阵容，例如鸣人鹿丸井野的组合，利用影子模仿术与心转身之术形成控制链，再通过尾兽化鸣人完成收割。对于微氪玩家，优先培养千手柱间等具备群体增益的忍者，能显著提升阵容容错率。
